生物与环境工程学院“生物工程虚拟仿真实验教学中心”2016年萌芽于巢湖学院致知楼1102-1103室——微生物学实验室，经过多年建设成长，2019年3月获批成立巢湖学院生物工程虚拟仿真实验教学中心。“生物工程虚拟仿真实验教学中心”始终把实验教学摆在人才培养的首要地位，实现学生知识、能力和素质协调发展的实验教学指导思想，以教学内容、教学方法、教学大纲和建设共享优质实验教学资源为核心，根据校情、院情、经费、学生等实际情况，坚持“虚实结合、相互补充、能实不虚、以虚促实”的建设原则，致力于生物工程、生物制药及相关实验教学体系的改革，积极开展虚拟仿真实验教学资源的研发与建设，着力推荐资源共享、提高学生创新意识、实践能力和团队协作精神，适应高素质工程应用技术人才培养的内涵要求，利用虚拟现实、多媒体、数据库和网络通讯等技术，模拟高度仿真的虚拟实验环境和实验对象，实现一批真实实验无法完成、或者具有高风险或高成本的实验项目，全面促进学生自主学习、自主实验、自主创新，努力将“生物工程虚拟仿真实验教学中心”建设成资源丰富、开放共享、较高水平、效益突出、特色鲜明的虚拟仿真实验教学中心。
     “生物工程虚拟仿真实验教学中心”依托生物工程专业实验室而建立，生物工程专业实验室始建于2010年，现有专职实验师2人，占比14%，另外具有指导实验技能的专业老师11人，占比78%，完全满足实验课程开设要求，目前为止，所有培养方案中实验课程的开课率为100%。实验室总面积824平方米，实验教学空间相对充裕。实验室布局合理，水、电等设施齐全，环境良好。实验室现有仪器和准备室、微生物学实验室、普通生物学实验室、啤酒酿造室、发酵实验室、生物化学实验室等分室，主要仪器设备有荧光定量PCR仪、普通PCR仪、各类发酵罐、全自动酶标仪、高效液相色谱仪、荧光显微镜、凝胶成像系统等，仪器设备总值逾271万元。实验室现有面积及仪器设备可完全承担生物工程专业的专业综合实验、发酵工程实验、生物化学实验、微生物学实验、普通生物学实验、分子生物学实验等实验课程的教学任务，此外，实验室开放逐步加大力度，实验室为本科生毕业论文、大学生创新创业训练、皖维大学生科研项目、安徽省大学生生物标本大赛以及教师的科研项目提供实验条件。